Pristanišče v Kopru je načrtovano kot zeleno pristanišče, ureditev območja pa temelji na upravljanju in izboljševanju onesnaženega mestnega ozračja, stanja voda v urbanem območju ter iskanju trajnih rešitev energetske infrastrukture. Poleg izboljšanja prometne pretočnosti v pristanišču zaradi predvidene nivojske ločitve železniškega in cestnega prometa ter združevanja pristaniških terminalov v zaključene prostorske enote so pomembni tudi drugi ukrepi, kot je načrtovanje zelenega sistema. Predvidena vegetacija na strehah skladišč izboljšuje toplotno izolacijo, zmanjšuje odvodnjavanje deževnice in ustvarja podobo zelenega vala, ki je dopolnjena z ureditvijo vinogradov na skladiščih za avtomobile. Slednja mejijo na vodotoka Rižano in Ankaranski obrobni kanal (AOK), med katerima se vzpostavi nova vodna povezava, na območju priključka pa je predvidena širitev reke Rižane ter regulacija dotoka vode Rižane v AOK. Območje AOK vključuje razsežna trstišča v dolžini približno 2,7 km in širini 70 m in dve večji mokrišči, sam kanal pa je poglobljen, tako da dovaja morsko vodo tudi na območje Ankaranske bonifike. Dvajsetmetrska mehko oblikovana hriba s terasami sledita obliki terena. Vinogradniške terase se od streh garaž spuščajo v smeri proti kanalu. Na strehah skladišč je mestoma zasajeno tudi sadno drevje in/ali druga avtohtona drevnina, ki pripomore k biodiverziteti in krajinski pestrosti območja. Kulturne terase z avtohtonim negojenim sadnim drevjem in nasadi oljk zaključujejo tudi del severnega roba koridorja AOK proti športno-rekreacijskemu parku. Takšna raba omogoča pasivno rekreacijsko rabo, predvsem pa omogoča kakovostno življenje v neposredni bližini pristanišča. Del zelenega sistema pristanišča je tudi oblikovanje in delovanje muzejsko - industrijskega parka, ki združuje elemente tehnične dediščine in kulturne krajine na robu naravnega rezervata Škocjanski zatok. Zelena pregrada, ki je visoka 12 metrov in dolga 1,5 kilometra, ločuje nov kontejnerski terminal od naselja Ankaran. Na južni strani je opremljena s fotovoltaičnim sistemom, na severni strani pa daje zid vtis naravne prostorastoče žive meje. S starega mestnega jedra Kopra, ki leži 15 metrov nad pristaniščem, je pogled na vrh skladišč v pristanišču še posebej pomemben; strehe pristanišča postanejo »peta fasada«. Še bolj očitna je ugodna krajinska slika zelenega pristanišča s sosednjih hribov, ki obdajajo pristanišče, in kamor danes bleščijo strehe skladiščenih avtomobilov. Prav to je tudi razlog za namestitev fotovoltaičnih celic na strehe obstoječih in novozgrajenih skladišč na od mestnih in krajinskih območij najbolj oddaljenemu severnem delu prvega pomola in na drugem pomolu. Za namen povezovanja mestnih delov je oblikovana peš in kolesarska pot, ki poteka ob in preko pristanišča in ki se pričenja pri potniškem terminalu na severu starega mestnega jedra Kopra, končuje pa pri svetilniku na skrajnem robu 3. pomola ter je dolga slabih 7 kilometrov. Načrtovana pot se navezuje na obstoječe, načrtovano in že zgrajeno omrežje peš in kolesarskih poti.